建筑白蚁防治研究中心内设机构为实验室、办公室、财务科、科技信息科、工程科共5个部门。
（1）实验室
       开展白蚁防治科学研究，做好相关咨询、推广服务工作。推广应用新技术、新设备、新药物，并提供相关的咨询服务。开展蚁害控制对策与技术创新研究，收集和管理虫害标本，总结交流防治经验。
（2）办公室
       宣传贯彻党和政府的路线方针政策及上级的指示；负责单位政务工作与会议的组织协调；承担文电处理、文书档案、安全保卫、保密、后勤保障、车辆等综合性管理；负责人事劳资、劳动保障和对外联络工作；完成领导交办的其他工作。
（3）财务科
      负责组织编制并认真执行财务预算；负责制定公司内部财务制度和各项开支标准；负责会计算账、记账、报账工作；负责审查各项支出，办理各项收支手续，参与审定各项重要项目资金使用情况；负责公司资金的筹措与运用；负责财务报表、账簿、凭证等财务档案、资料的整理、立卷及保管工作；
（4）科技信息科
      负责行业信息的收集整理与统计分析，建立和完善公司网络和信息数据库；负责公司信息网络基础设施及网站的建设、维护与管理；负责政策法规、技术标准、行业新闻和科普知识的宣传；组织开展国内外技术信息交流合作；组织参加白蚁防治专业人员的岗位培训和职业资格技术培训；组织开展从业人员继续教育工作。
（5）工程科
     负责宣传贯彻有关白蚁防治工程质量标准、技术规程、管理规范和政策法规；承接房屋建筑、水库堤坝、地下电缆、园林、古建筑等城市虫害防治工程；负责杀虫剂药效测试工作；做好白蚁防治工程质量和档案管理工作；